2008年――謎の勢力の出現により、                                                                      　　アニメ、ゲーム、マンガ、音楽、鉄道、コスプレなどあらゆるオタク文化が排除された日本。                                                                      　　グッズは収容され、保護の名のもとにオタクが弾圧されても、                                                                      　　人々は自我を喪ったかのように疑問を持たない。                                                                      　　秩序維持を担う組織「SSC」に蹂躙され、オタクは滅びたかに思われた――                                                                      　　だが、封鎖されたアキバを奪還し、反旗を翻す者たちが現れる。                                                                      　　若き革命者「オタクヒーロー」――何よりもオタク文化を愛し、誰よりもアキバを愛する男。                                                                      　　そして彼を慕う3人の魔法少女たち――「アナーキー」「ブルー」「ピンク」。                                                                      　　2011年の日本を舞台に、自由の旗のもとに集ったオタクたち――                                                                      　　アキバ革命軍は、SSC首領「SHOBON」との壮絶な戦いに挑む。                                                                      　　混沌も秩序も破壊して、好きなものを好きなだけ好きといえる世界のために。                                                                      　　自由の旗のもとに集ったオタクたちよ、                                                                      　　奪われた文化を取り戻すべく                                                                      　　OTAKU COUNTER CULTUREを巻き起こせ！

すべてではない。けれど、エリアスを、                                                                      　　自分を受け入れることができたチセ。                                                                      　　カルタフィルスがひとときの眠りにつき、                                                                      　　日常を取り戻した彼女の元に                                                                      　　届いたのは、魔術師たちの                                                                      　　相互扶助組織『学院』への招待状だった――。                                                                      　　大英図書館の地下……                                                                      　　今までとは違う魔術師達の社会。                                                                      　　”人”との出会いと交わりが、                                                                      　　新たな扉を開いてゆく。                                                                      　　これは、私（あなた）を救う為の物語。